Pishat e Deçanit
Për vlerat e jashtëzakonshme të Bjeshkëve të Nemuna, ekzistojnë fakte historike dhe shkencore, të cilat kanë çuar në mbrojtjen e deritashme ligjore të disa zonave të caktuara që hyjnë në zonën e Parkut Kombëtar. Këto zona kanë qenë kryesisht në kategorinë e monumenteve natyrore dhe rezervateve të natyrës. Brenda territorit të Parkut Kombëtar Bjeshkët e Nemuna, tashmë më ligj janë të mbrojtura rezervatet dhe monumentet naturore.
Pishat e Deçanit kanë sipërfaqe prej 15 hektarësh, si monument natyror është e mbrojtur që nga viti 1968. Afër Manastirit të Deçanit ky monument natyror është i mbuluar me pisha të zeza. Pishat e Deçanit janë resurs i rallë natyror me veti shëruese dhe shfrytëzohet për turizëm shëndetësor.
Malet e Prilepit
Gjenden në veriperëndim të Deçanit. Sipërfaqja e zonës është 0.92 ha e shpallur si rezerevat strikt i natyrës në vitin 1963.
Bjeshka e Prilepit është zonë e maleve të larta në gëlqeror me vlera të veçanta fitocenologjike, gjeomorfologjike, gjeologjike dhe peizazhore. Karakteristika e zonës është biodiversiteti i theksuar i dendroflorës (llojeve drunore) midis të cilëve veçohen llojet endemike panja e heldrahit (Acer heldreichii) dhe arneni (Pinus peuce). Zona është e dominuar me bashkësi pyjore dhe shkëmbinjtë gëlqerore në pjesët me të larta të zonës.
Nga llojet e tjera drunore veçohen: Pisha e bardhë (Pinus silvestris), Hormoqi (Picea abies), Bredhi (Abies alba), Panja malore (Acer pseudoplatanus), Panja gjetherrapi (Acer platanoides), Ahu (Fagus moesiacae), Mështekna (Betula pendula), Plepi i egër (Populus tremula), Shelgu i egër (Salix caprea) etj.
Llojet më të rëndësishme të faunës janë: Ariu i murrëm (Ursus arctos), Shqarthi (Martes foina), Vjedulla (Meles meles) etj. Nga llojet e ornitofaunës veçohen: Thëllëza e gurëve (Alectoris graeca), Pëllumbi i egër (Columba oenas), Korbi (Corvus corax), Qyqja (Cuculus canorus), Qukapiku i larmë malor (Dryobates leucotos), Lauresha e pyjeve (Lullula arborea) etj.
Bjeshka e Kozhnjerit
Kozhnjeri ose Bjeshka e Kozhnjerit është një rezervat strikt i natyrës, i shpallur në vitin 1955, dhe gjendet në perëndim të Deçanit, Kosovë.[1]Sipërfaqja e Kozhnjerit është 150 ha, ndërsa lartësia mbidetare është 1.708 m.
Gubavci
Është rezerevat strikt i natyrës që nga viti 1959. Gjendet në pjesën perëndimore të Pejës duke krijuar një pamje mjaft impozante rrëzë Koprivnikut. Sipërfaqja e zonës është 38 ha.
Vlerat më të rëndësishme të zonës paraqesin llojet disa endemike dhe endemorelikte me theks të veçantë lloji Forsythia europaea. Lloje tjera interesante janë edhe llojet: Centaurea kosaninii, Fumana bonapartei etj. Sipas literaturës përmendet edhe lloji stenoendemik Rubus ipecensis.