Dečanski borovi
Postoje istorijski i naučni dokazi i činjenice o izvanrednim vrijednostima Prokletija, a koje su još ranije dovele do posebne zakonske zaštite nekoliko određenih područja koje se nalaze u okviru Nacionalnog parka. Ova područja su bila prvenstveno u kategoriji spomenika prirode i rezervata prirode. U okviru teritorije Nacionalnog parka Prokletije su važećim zakonodavstvom zaštićena područja, i to rezervati i spomenici prirode.
Dečanski borovi predstavljaju površinu od 15 hektara, koji su, kao spomenik prirode, zaštićeni još 1968. godine. Nalaze se u blizini Dečanskog manastira, a ovaj spomenik kulture je obrastao crnim borovima. Dečanski borovi su rijedak prirodni resurs sa ljekovitim svojstvima i koriste se za zdravstveni turizam.
Prilepske planine (alb. Malet e Prilepit)
Nalaze se sjeverozapadno od Dečana. Ukupna površina cjelokupnog područja, koja iznosi 0.92 ha, proglašena je 1963. godine za striktni rezervat prirode.
Prilepske planine predstavlja oblast visokih planina sa izuzetnim fitocenološkim, geomorfološkim, geološkim i pejzažnim vrijednostima. Posebna karakteristika ovog područja je izraženo bogatstvo biodiverziteta, i to dendrofila (vrste drveta), među kojima se posebno izdvajaju endemske vrste planinski javor (Acer heldreichii) i molika (Pinus peuce). U ovom području dominiraju šume i krečnjačke stijene u najvišim predjelima.
Od ostalih vrsta drveća, izdvajaju se: bijeli bor (Pinus silvestris), smrča (Picea abies), jela (Abies alba), gorski javor (Acer pseudoplatanus), mliječni javor (Acer platanoides), mezijska bukva (Fagus moesiacae), breza (Betula pendula), jasika (Populus tremula), iva (Salix caprea) i dr.
Najznačajnije vrste faune su: mrki medvjed (Ursus arctos), kuna bjelica (Martes foina), jazavac (Meles meles) i dr. Od vrsta ornitofaune se izdvajaju: jarebica kamenjarka (Alectoris graeca), golub dupljaš (Columba oenas), gavran (Corvus corax), kukavica (Cuculus canorus), crvenokrijesti veliki djetlić (Dryobates leucotos), šumska ševa (Lullula arborea) i dr.
Kožnjerska planina
Kožnjer ili Kožnjerska planina je striktni rezervat prirode, i kao takav je proglašen 1955. godine. Nalazi se zapadno od Dečana, na Kosovu. Površina Kožnjera je 150 ha, a nadmorska visina je 1.708 m.
Gubavci
Striktni rezervat prirode je od 1959. godine. Nalazi se u zapadnom dijelu Peći, stvarajući veoma impresivan pogled na podnožje Koprivnika. Površina ovog rezervata je 38 hektara.
Najznačajnije vrijednosti ove oblasti predstavlja nekoliko endemskih i endemoreliktnih vrsta, sa posebnim naglaskom na vrstu Forsythia europaea. Ostale interesantne vrste ovog područja su: Centaurea kosaninii, Fumana bonapartei i dr. U literaturi se pominje i stenoendemska vrsta Rubus ipecensis.