Po bogatstvu flore, faune i vegetacije, Prokletije spadaju među najrjeđe i najkarakterističnije planinske masive Balkana. Iako po svom prostornom položaju Prokletije pripadaju regionu sa kontinentalnom klimom, one se nalaze i pod uticajem mediteranske klime, i to tačnije one submediteranske, koja prodire dolinom Bijelog Drima. Tako je, u nižim predjelima ovog planinskog masiva, prisutna izmijenjena mediteranska klima, dok u višim predjelima preovladava alpska. Ovo preplitanje submediteranske i kontinentalne klime je uslovilo stvaranje složene cjeline ekoloških uslova koji su omogućili pojavu i preživljavanje bogate i raznovrsne flore i vegetacije, gdje srijećemo i oblike u vidu drveća, grmlja i trave, a od kojih značajan broj pripada reliktnim, endemoreliktnim i autohtonim endemskim vrstama kako Balkana, tako i Evrope. Sem toga, u ovaj broj nisu uključena istraživanja vezana za mahovine, lišajeve i gljive.
Flora Prokletija
Prokletije su karakteristične po izuzetnoj flornoj raznolikosti i predstavljaju jedan od florističkih centara Balkana, posebno s aspekta florne endemičnosti. Vaskularna flora Prokletija na Kosovu se sastoji od 1.611 taksona (vrsta i podvrsta): 435 rodova, 105 porodica, 50 redova i 6 klasa. Prema podacima, na visokim vrhovima Prokletija, kao što su Đeravica, Bjeshkët e Lumëbardhit, në Gurin e Verdhë, Koprivnik i Neqinat mogu se pronaći 255 endmeskih vrsta i podvrsta Balkana. Iz cjelokupne flore Prokletija, 19 taksona je uvršteno na Crvenu listu ugroženih biljaka (IUCN, 1997). Na Prokletijama imamo preko 90 takvih endemskih vrsta.
Neke od endemskih vrsta Balkana koje se mogu susresti na Prokletijama:
1. Albanski dimak (Crepis albanica)
2. Korabski gladuš (Draba korabensis)
3. Dinarski rožac (Cerastium dinaricum)
4. Makedonska čuvarkuća (Sempervivum macedonicum)
5. Crnogorska mlječika (Euphorbia montenegrina)
6. Albanski ljiljan (Lilium albanicum)
7. Balkanski štavelj (Rumex balcanicus)
8. Klapakur (Ranunculus scutatus)
9. Bugarski blaženak (Geum bulgaricum)
10. Visokoplaninska ljubičica (Viola elegantula)
11. Albanski ljupčac (Ligusticum albanicum)
12. Bonaparteov sunčac (Fumaria bonopartei)
13. Planinska metvica (Teucrium arduini).
Neke od endemskih vrsta Prokletija koje se nalaze na Kosovu:
1. Košanska čuvarkuća (Sempervivum kosaninii)
2. Paštrički praskoč (Cephalaria pastricensis)
3. Kozlinac (Astragalus fialae)
4. Vučji čemer (Aconitum pentheri)
5. Pećka kupina (Rubus ipecensis)
6. Šarplaninska kamenika (Saxifraga scardica)
7. Prokletijska vučica (Wulfenia blecicii)
8. Bradata zečina (Centaurea nervosa)
9. Mošnjak (Thlaspi cuneifolium)
10. Majčina dušica (Thymus rohlenae)
Fauna Prokletija
Prokletije su karakteristične po veoma bogatoj, heterogenoj, endemskoj i jako interesantnoj fauni. Ovo bogatstvo faune Prokletija, najvećeg masiva na Balkanu, predstavlja rezultat velikog broja različitih uticaja, i to prvenstveno mediteranskog, evrosibirskog i nordijskoalpskog uticaja, kao i veoma čestih promjena ekoloških uslova u prošlosti. Na prostoru masiva Prokletija mogu se naći vrste sisara i ptica koje su veoma rijetke u drugim djelovima Balkana, ali i šire. Veliki broj tih vrsta su reliktne i endemske, ugrožene nestankom, te se stoga nalaze na međunarodnim listama zaštićenih vrsta.
Na osnovu ukupnih do sada sprovedenih istraživanja, cjelokupna fauna Prokletija se sastoji od: 8 vrsta riba, 13 vrsta vodozemaca, 10 vrsta gmizavaca, 148 vrsta ptica, (smatra se da postoji preko 200 vrsta), 37 vrsta sisara. Na Prokletijama živi i 129 vrsta leptira iz reda Lepidoptera, koje ovaj region čine najbogatijim u Evropi, prema podacima PBA (Primeary Buterfly Area).
Najreprezentativnije vrste faune na Kosovu, a koje žive na prostoru Prokletija su: balkanski ris (Lynx lynx balcanicus), mrki medvjed (Ursus arctos), jelen (Capreolus capreolus), divokoza (Rupicapra rupicapra), planinski orao (Aquilla chrysaetos), bjelonokti soko (Falco naummani), veliki tetrijeb (Tetrao urogallus), crni daždevnjak (Salamandra atra), vidra (Lutra lutra), vuk (Canis lupus), macja e egër (divlja mačka) i dr.
Zbog činjenice da su bogate pticama, ali i zbog toga što kroz ovu oblast prolaze migratorni putevi, Prokletije su prepoznate kao IBA region (IBA- Important Bird Areas).